根据数据统计汇总，2019年全国食用菌工厂化总产量为343.68万吨，比2018年增长15.77万吨，增幅为4.81%。
在343.68万吨年总产量中，金针菇为161.94万吨，杏鲍菇为114.39万吨，双孢菇24.42万吨，蟹味（白玉）菇23.67万吨，海鲜菇10.76万吨。其中，金针菇和杏鲍菇两个工厂化生产主要品种合计占年度总产量的80.40%。
当前，我国食用菌工厂化生产存在的问题主要是外部环境和内部资源的竞争，贸易形势多变、转型升级困难、需求分众加快，都给行业中的每个主体带来更多挑战。近年随着原材料、人工、机械损耗、物流运输等成本的攀升，使得企业盈利水平持续下降，特别是过去一年行业个别企业为了抢占市场，不惜大打价格战，把大量的资金投入到价格战中，为了打压竞争对手，甚至突破了成本价，到头来中小企业市场空间被进一步压缩，而大企业也两败俱伤，企业盈利整体堪忧。
据统计，在过去的一年，有80多家食用菌工厂化企业倒闭或停产，其原因主要是企业运营成本不断增加，市场价格不景气，很多时候产品出厂以成本价销售，企业几近处于亏损状态，经营维艰，有的只能选择倒闭或者转产，提前适当止血。
我国虽是食用菌大国，但不是食用菌强国，菌种自主研发能力不强。我国食用菌工厂化生产企业中，仅有9%自产菌种，其余均为外购，由于国外对菌种专利保护比较严格，且收取较高的菌种专利费用，对于工厂化企业来说是一笔较高的支出成本。例如，工厂化金针菇菌种大都从日本进口，工厂化瓶栽金针菇一瓶450-500g要付给日本千曲化成等金针菇企业菌种专利3分钱。目前国内一个金针菇工厂化企业日产可达200吨，可想中国的一个金针菇品种养活了整个日本的金针菇企业。同时，没有自主研发菌种能力，对于企业来说无异于受制于人，菌种国产化研发刻不容缓。
目前，食用菌工厂化生产的行业标准制定比较滞后，缺乏分区域、分品种、分环节的生产标准，生产企业都是按照自己制定的工艺流程和操作模式进行生产，一些新建企业甚至没有标准盲目生产。行业标准缺乏造成了产业结构落后，产品质量和食品安全难于实现可追溯目标。在行业管理方面，缺少有实质意义的管理机构，难能实现产能、价格等方面的整体调控，生产企业间都是各自为战，行业自律性差，容易形成恶意竞争。
现阶段，我国食用菌工厂化的生产链条还较为单一，应在菌种资源研发、生产品种多样化、废弃菌包循环利用、机械设备智能化提升等方面继续加强和完善，进一步适应市场运行规律，实现企业利益和产业效益最大化。同时，食用菌工厂化选址布局应该更加科学化，充分考虑当地资源禀赋、消费习惯、市场承载能力等因素。我国西部地区有原材料、人工、土地、用电等成本优势，“东菇西移”成为食用菌工厂化发展的一种趋势，但也应考虑运输成本、饮食消费习惯等因素，不能盲目投资建厂。为此，就生产企业而言，要做到合理的生产基地规划布局，根据市场情况调整策略，资源间形成优势互补，最大限度提升企业全国市场占有率。
促进乡村振兴和城镇化进程的关键一环是当地的产业项目落地，食用菌工厂化生产是农业项目工业化，绝大部分企业和生产基地建在农村和城乡结合部，这就为实现乡村振兴战略和城镇化发展提供了产业项目支撑，从而成为引领乡村振兴提速提质的“助推器”。
这是一个充满挑战与困惑的时代，同时也是一个后发企业总结经验调整思路拐点超越的时代。没有谁强大到不能被挑战，没有谁弱小到不能被壮大。外因是变量，主宰成功与否的在于我们能否顺势而为，强大强壮自己，历史与现实摆在我们面前，巨大飞跃的契机已经来临，凝聚我们的心智，团结一切可以团结的力量，整合与调动所有能够运用的资源，胜利的彼岸在向每一个有准备的人招手。
